معافیت پزشکی یکی از انواع معافیت ها می باشد که مشمولان با دارا بودن شرایط خاص و بیماری های مورد تایید سازمان وظیفه عمومی می توانند برای دریافت آن اقدام نمایند. معافیت پزشکی وابسته به شرایطی که فرد بیمار دارد ، ممکن است به صورت معافیت دائم و یا معافیت موقت باشد که تشخیص این موضوع توسط شورای پزشکی وظیفه عمومی انجام می گیرد و حتی در برخی از موارد ممکن است فقط گذراندن دوره آموزشی برای فرد مشمول کنسل شود و برای دوره خدمت معافیت صادر نگردد.